454測序用于美洲奶牛種牛基因組測序項目

兩只公牛基因組分別利用454 GS FLX Titanium進行測序，分別獲得了7.3倍和13.5倍基因組覆蓋度的數據，約20.5G和37.9G的測序序列，然后用Newbler將超過30G的堿基序列與參照基因組進行比對，zui終超過86%的參考基因組有超過1x的覆蓋。
科學家應用一種稱為haplotracking的技術，確定了染色體中控制者重要的性狀的區域，這些區域在群體進化中受到較大的選擇性壓力。這項研究揭示了奶牛基因組進化的過程，顯示外在因素對這些重要基因的選擇作用，例如一些影響奶牛對傳染病抵抗能力的基因。www.sxszyy.com
這兩只種牛的基因組約占目前北美荷蘭奶牛群體基因組的7%左右。研究人員從這兩只公牛基因組中，發現超過130萬個SNP，并利用這些SNP對其后代進行了單倍體型分型。研究人員發現了與繁殖、牛奶產量、抗病毒能力有關的一系列基因，這些基因控制的性狀都有可能影響到奶牛經濟價值和奶廠的效益。
奶牛作為經濟動物，長期以來受到很大的選擇壓力，如牛奶產量、奶脂含量，已經有超過50年的人工養殖歷史，因此也積聚了大量的遺傳學信息，可以在后代的基因組中跟蹤，其后代也能重組這些單倍體型，這些信息可用于認識復雜性狀的遺傳學機制。